净化工程的核心目标是通过一系列的技术手段和管理措施，将空间内的空气洁净度、温度、湿度、压力等参数控制在特定范围内，以减少或消除空气中的微粒、有害气体、微生物等污染物。其工作原理主要基于空气过滤、气流组织、压力控制等方面。

空气过滤是净化工程的关键。通过安装不同级别的空气过滤器，如初效过滤器、中效过滤器和高效过滤器，能够有效地拦截空气中的灰尘、花粉、细菌、病毒等微粒。高效过滤器（HEPA）甚至可以过滤掉直径为0.3微米的微粒，过滤效率高达99.97%以上，为洁净空间提供了坚实的防线。

合理的气流组织也是净化工程的重要保障。通常采用层流或乱流的气流方式，使洁净空气均匀地分布在整个空间内，形成稳定的气流场。层流气流以平行、均匀的流线流动，能够将污染物迅速带走，避免其在空间内积聚；乱流气流则通过空气的混合和稀释作用，降低污染物的浓度。

压力控制则是防止外界污染物进入洁净空间的有效手段。通过调节空间的压力，使其相对于周围环境保持正压或负压状态。正压洁净室可以外界空气倒灌，将污染物拒之门外；负压洁净室则常用于处理有害物质，其泄漏到周围环境中。